Cikal bakal berdirinya Gereja Beth-El Tabernakel bermula dari Gerakan Pentakosta yang berkembang di Surabaya dan Cepu sejak November 1921. Organisasi Pentakosta yang pertama didirikan adalah Vereeniging der Pinkstergemeente in Nederlandsch Oost-Indie (Persatuan Jemaat-jemaat Pentakosta di Hindia Belanda) pada 23 Maret 1923 yang berkantor di Bandung. Setelah dua kali berganti nama, akhirnya pada tahun 1942 badan gerejawi ini menjadi Gereja Pantekosta di Indonesia (GPdI). Pada tahun 1952 Pdt. Frederik George van Gessel dan Pdt. Ho Liong Seng (H. L. Senduk, D.D.) meninggalkan GPdI dan membentuk Gereja Bethel Injil Sepenuh (GBIS) yang berkantor di Jakarta. Pada awal 1957, menimbang pentingnya pelajaran Tabernakel dan keinginan untuk menyebarluaskan pengajaran Tabernakel, maka Pdt. Po Gwan Sien (Gershom Soetopo) mengilhami pendirian Gereja Beth-El Tabernakel dengan mengajak 17 orang Hamba Tuhan.
Tujuh belas Hamba Tuhan tersebut adalah Pdt. In Juwono, Pdt. Dominggus Sore, Pdt. P. J. Kesek, Pdt. Mattheus Akib, Pdt. Lo Kok Khing (Lohes Sugeng Kurniadi), Pdt. Boy L. Ogi, Pdt. Soebarjo Wirjowinoto, Pdt. Pangemanan, Pdt. Tan Kong Hoen, Pdt. Liem Djie Swie (Jahja Alim Djojosuwito), Pdt. Herman Tan, Pdt. Ong Tjing Hong, Pdt. Go Hong Sing, Pdt. Marthin Luther Sambira, Pdt. Lo Soen Hian (Henoch Hadi Soesilo), Pdt. Ong Keh Soen (Rehuel Hendrata Ronggosukeno) dan Pdt. Kwee Tjwan Hay (Imam Jahja Budiman).
Pada tanggal 29 Mei 1957, dalam pertemuan di Jalan Mojopahit 43-45, Surabaya yang dihadiri 70 orang Hamba Tuhan, terjadi kesepakatan untuk melepaskan diri dari organisasi GBIS dan kemudian mendirikan organisasi yang disebut Badan Persekutuan Gereja Beth-El Tabernakel Seluruh Indonesia (BPGBT). Keberadaan Badan Persekutuan GBT diakui oleh Pemerintah RI dengan adanya Surat Keputusan dari Kantor Departemen Agama No. 11/KA/1957 bertanggal 21 Juni 1957. Surat Keputusan dari Kantor Departemen Agama tersebut dari waktu ke waktu telah diperbarui hingga dikeluarkannya Surat Keputusan Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI No. 109/2019, tanggal 8 Februari 2019 , di dalamnya telah disahkan nama Gereja Badan Persekutuan Gereja Beth-El Tabernakel diubah menjadi Gereja Beth-El Tabernakel (GBT).
Selanjutnya berkaitan dengan peralihan alamat tetap Kantor Sinode (Jalan Simpang Darmo Permai Selatan 19 No. 25, Kel. Lontar, Kec. Sambi Kerep, Surabaya 60216), telah diterbitkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama, Nomor 305 Tahun 2022.
Walau digolongkan sebagai Sinode, namun GBT tetap mempertahankan semangat pendirian sebagai ciri khas, yakni bahwa GBT adalah suatu badan persekutuan dengan semangat kebersamaan, yang memberi kesempatan masing-masing Jemaat Setempat untuk mengatur, mengurus, dan mengembangkan pelayanan sesuai pelajaran Tabernakel dalam bidang koinonia (bersekutu), marturia (bersaksi) dan diakonia (melayani).
Untuk terus menerus menyebarluaskan pengajaran Tabernakel, pada waktu itu diadakan Kursus Alkitab Tabernakel di Surabaya, di Malang, di Makassar dan juga di kota-kota lain yang tujuannya adalah untuk melatih dan menyiapkan hamba-hamba Tuhan yang siap melayani di seluruh tanah air.
Dalam perjalanan waktu, dibangunlah kampus Sekolah Alkitab Tabernakel di Lawang pada tahun 1970 oleh Pdt. Gershom Soetopo, D.D., yang kemudian pada tahun 1985 berkembang menjadi STT Tabernakel. Setelah itu disusul dengan pendirian pendidikan teologi lainnya di Semarang (oleh Pdt. Ir. Timotius Subekti), di Purwokerto (oleh Pdt. Philipus Boediprayitno, D.Min.) dan di Tomohon (oleh Pdt. Youce Sumarandak, M.Th.).